Los árboles, extraídos en tiempo récord, fueron dejando enormes espacios vacíos en la gran isla, los cuales fueron ocupados casi simultáneamente con la siembra de la palma de aceite, conocida por su negativo impacto medioambiental, como la degradación del suelo, las pérdidas de hábitats y extinción de especies. Poco después del abandono del poder por parte de Suarto, en 1998, se formó una compleja trama de familias poderosas, políticos, corrupción y corporaciones, cuya mira estaba puesta en el negocio de la palma de aceite, que originó la segunda ola de destrucción de la selva, la cual no ha parado hasta hoy día.

La palma de aceite es una planta que en una sola hectárea puede producir unos 6.000 litros de aceite crudo, varias veces superior al obtenido con aceite de soja o aceite de maíz, lo que lo hace muy rentable. Por esto es el preferido de grandes corporaciones de alimentos, cosméticos y otros productos, aunque algunas de ellas, en años recientes han cancelado sus relaciones con los grandes proveedores de la cuestionada materia prima.

Debido a la gran demanda, enormes superficies de Borneo fueron deforestadas para dar cabida a una mayor cantidad de plantaciones de palma de aceite. El cultivo de este producto aumentó en Indonesia de 600.000 hectáreas en 1985 a más de 6 millones de hectáreas a principios de 2007. Borneo, luego de la gran deforestación, se convirtió en el emporio mundial de producción de aceite de palma. Según datos de la FAO, para 2013 los dos mayores productores mundiales de aceite de palma fueron Indonesia, con cerca de 27 millones de toneladas y Malasia con 19 millones de toneladas. Con la suma de ambos países Borneo se adjudicó un total de 46 millones de toneladas, cifra muy superior a los dos millones de toneladas de Tailandia, país que ocupa el tercer lugar.