La WWF estima que la isla cuenta como mínimo con 222 especies de mamíferos (44 de ellas endémicas), y 13 especies de primates. Entre los mamíferos abundan los murciélagos y roedores, debido a las redes de cavernas y característica de pluviselva de Borneo. Estas especies son muy útiles por su función de dispersión de semillas y el control de las poblaciones de insectos. El orangután es la especie principal y es exclusivo de Borneo y Sumatra, la isla vecina. Entre otros mamíferos cabe nombrar el mono probóscide, el gibón de Müller de Borneo, el oso malayo, el leopardo nebuloso, el elefante de Borneo, el rinoceronte de Borneo y el banteng, una especie de ganado silvestre muy difundido el sureste asiático.

En Borneo existen cerca de 420 de aves residentes (37 endémicas); 100 anfibios; 394 peces (19 endémicos). Entre las aves se destacan las ocho especies de calaos, símbolos de la isla por su variedad, tamaño, colorido y cantidad. En cuanto a los insectos, en un solo árbol dipterocárpeo se han encontrado 1.000 especies de insectos diferentes. Todas estas especies han sufrido grandes mermas de su población por la destrucción de sus hábitats durante la deforestación de la isla. Es difícil cuantificar el número de bajas y quizás nunca se sabrá cuantos perecieron en los grandes incendios o en sus fallidos intentos de adaptación a la nueva cobertura vegetal de la isla, en especial las palmas de aceite.